1. 税務調査とは？目的と基本を理解する

税務調査という言葉を耳にすると、「自分の会社が狙われているのではないか」「何か不正を疑われているのでは」と不安に感じる経営者の方も少なくありません。
しかし、税務調査は必ずしも悪質な行為がある企業だけに行われるものではなく、適正な申告が行われているかどうかを確認するための行政手続きです。

税務署や国税局が行う調査の目的は、納税義務が正しく果たされているかを確認し、公平な課税を維持することにあります。すべての事業者が適切に申告を行っていれば調査は不要ですが、現実には解釈の違いや記帳の誤り、法改正に対応できていないケースが多く存在します。そのため、税務調査は税務行政における重要な仕組みと位置づけられています。

1-1. 税務調査の目的と背景

税務調査の基本的な目的は以下の通りです。

  • 申告内容の正確性を確認すること

  • 申告漏れや計上ミスを是正すること

  • 故意の脱税行為を抑止すること

調査があることで、事業者は日常的に帳簿を整備し、正しい申告を心がけるインセンティブが働きます。言い換えれば、税務調査は「税務コンプライアンスを維持するための仕組み」といえます。

1-2. 税務調査の種類（任意調査・強制調査）

税務調査には大きく分けて二つの種類があります。

  • 任意調査
    多くの事業者が対象となる一般的な調査。事前に通知があり、納税者の協力を得ながら進められる。

  • 強制調査（査察調査）
    いわゆる「マルサ」と呼ばれる調査。裁判所の令状に基づき、脱税の疑いが強い場合に実施される。

一般的な中小企業や個人事業主が受けるのは、ほぼ任意調査です。強制調査は極めて特殊なケースと考えて良いでしょう。

1-3. 調査対象となる企業・事業者の特徴

すべての企業が毎年調査を受けるわけではありません。調査対象の選定は、申告内容や業種の特性、過去の実績などをもとに行われます。

  • 売上に比して経費が過大な場合

  • 現金取引が多い業種

  • 過去に修正申告や指摘を受けたことがある場合

  • 利益率が同業他社と大きく乖離している場合

これらの特徴があると、調査対象に選ばれる可能性が高まります。

2. 税務調査の流れ

税務調査は突然始まるものではなく、一般的には事前通知から始まります。ここでは標準的な流れを確認しておきましょう。

2-1. 事前通知と調査日程の決定

通常、税務署から事前に電話や書面で調査実施の連絡が入ります。その際に以下の内容が伝えられます。

  • 調査の日時・場所

  • 対象となる税目や事業年度

  • 調査を行う調査官の氏名

この段階で、経営者や担当者は必要な書類を準備し、調査当日に備えることになります。

2-2. 当日の調査手順

調査当日は、調査官が事業所を訪れ、以下の手順で調査が進められます。

  • 会社や事業の概要説明

  • 帳簿・証憑類の確認

  • 取引内容に関するヒアリング

  • 実地調査（倉庫や店舗の在庫確認など）

調査官は主に売上計上の正確性や経費処理の妥当性をチェックします。

2-3. 調査終了から結果通知まで

調査が終わると、その場で概要が伝えられ、後日「指摘事項」や「修正申告」の要請がなされることがあります。結果として修正申告が必要となる場合もあれば、「特に問題なし」とされる場合もあります。

3. 税務調査で確認される主なポイント

税務調査では特に次の点が重点的に確認されます。

3-1. 売上計上や経費処理の妥当性

売上を正しく計上しているか、経費が事業に関連するものであるかどうかは必ずチェックされます。

3-2. 帳簿や証憑の整備状況

帳簿や領収書、請求書などの証憑が適切に保存されているかどうかも重要な確認ポイントです。

3-3. 過去数年分の申告内容と整合性

通常、税務調査では過去3年程度の申告内容が対象となります。場合によっては7年まで遡及されることもあります。

4. 税務調査後に発生すること

4-1. 修正申告や更正処分の可能性

調査結果によっては、過少申告が判明し修正申告を求められることがあります。納税額が増加する場合には追徴課税が課されます。

4-2. 追徴課税や加算税の仕組み

申告漏れの内容によっては、過少申告加算税や重加算税が課されることがあります。これらは本税に加えて負担となるため、注意が必要です。

4-3. 再発防止のための内部管理体制の見直し

調査で指摘を受けた点は、その後の経理体制の改善につなげることが重要です。帳簿の管理体制や社内の承認フローを見直す契機と考えましょう。

5. 最新動向と税務調査

5-1. インボイス制度と税務調査の関係

2023年10月に導入されたインボイス制度により、仕入税額控除の要件が厳格化しました。適格請求書の保存状況は今後の調査において重要な確認ポイントとなります。

5-2. 電子帳簿保存法とデジタルデータの確認

電子帳簿保存法の改正により、電子取引データの保存義務が強化されています。メールやPDFで受領した請求書・領収書の保存方法も調査対象となるため、注意が必要です。

5-3. 最近の税務調査における注目点

デジタル化の進展に伴い、調査官はデータ分析を駆使して不自然な取引を抽出する傾向があります。クラウド会計ソフトを導入している場合でも、入力内容の整合性が確認される点は従来と変わりません。

6. まとめ｜税務調査の基本を理解し安心して備える

税務調査は、事業者にとって避けられない可能性のある手続きですが、基本的な仕組みと流れを理解しておけば、過度に恐れる必要はありません。

  • 調査の目的は「適正申告の確認」

  • 任意調査と強制調査があるが、多くは任意調査

  • 売上・経費・帳簿管理が主な確認ポイント

  • 調査後には修正申告や追徴課税が発生する場合がある

  • インボイス制度や電子帳簿保存法の導入により、確認項目は今後さらに多様化

適切な帳簿管理と法令遵守を続けることこそが、最大の備えといえます。